SINOPSE:
Liderados por Michael Scofield (Wentworth Miller), os oito presos, agora fugitivos, precisam enfrentar as consequências e se esconder do agente do FBI Alexander Mahone (William Fichtner), enquanto ele organiza uma caçada.
Episódios

1. Caçada Humana
Michael e o resto dos presos fogem apavorados pelos arredores do presídio, mas Bellick e a polícia estão muito perto e a perseguição é intensa. Enquanto isso, Sara está em estado crítico por causa de uma overdose.
2. Tentativa de Resgate
Os irmãos planejam outra fuga, dessa vez, querem libertar L.J. Só que os irmãos não sabem que o condenado está sendo vigiado de perto pelas autoridades, que o estão usando como isca para atrair Michael e Lincoln de volta à prisão.
3. Perseguição
Sucre e C-Note querem reencontrar suas famílias, não importa o preço. Sara é acusada de colaborar na fuga dos presos, enquanto Michael e Lincoln protagonizam um grave acidente de carro quando são perseguidos por Mahone.
4. Primeiro a Morrer
Michael, Linc e Nika são capturados por Bellick e Geary, que pretendem reaver o dinheiro de Westmoreland em Utah; Abruzzi reencontra a esposa e os filhos e quer fugir com eles, mas primeiro vai cuidar de Fibonacci.
5. Mapa 1213
Mahone investiga o dinheiro de D.B. Cooper. O que ele não sabe é que Michael e Lincoln estão a caminho de Utah para procurar essa fortuna. Enquanto isso, Sucre viaja para Las Vegas para impedir o casamento de Maricruz.
6. Subdivisão
Quatro dos fugitivos têm Mahone mais perto do que pensam. Todos procuram a fortuna escondida pelo milionário em alguma casa de Utah. Durante essa caça ao tesouro, um deles vai terminar preso.
7. Enterrado
Lincoln está determinado a se reencontrar com L.J., prestes a sair da prisão no Arizona; a caça ao tesouro de Michael, C-Note, Sucre e T-Bag acaba compensando, mas eles terão uma surpresa.
8. Armadilha Mortal
Na sua tentativa de ficar com todo o dinheiro, Sucre encontra dificuldades inesperadas. Bellick e seu parceiro não desistiram de encontrar os fugitivos. Lincoln reencontra LJ. Sara e Kellerman se apressam para juntar as pistas deixadas por Michael.
9. Desenterrado
Michael descobre um segredo obscuro de Mahone e decide utilizá-lo contra o agente. Enquanto isso, o reencontro entre Lincoln e L.J. parece chegar ao final e Bellick localiza T-Bag e o ameaça para descobrir o esconderijo do dinheiro.
10. Ponto de Encontro
Michael e Sara finalmente se reencontram, mas são interrompidos por Mahone, que os alcança. Lincoln conversa com seu pai. Bellick consegue fazer T-Bag revelar seu segredo. Sucre tenta falar com Maricruz.
11. Episódio 11
Lincoln deixa L.J. ir se encontrar sozinho com Michael, que planeja conseguir um avião para fugirem juntos. Enquanto isso, T-Bag escapa da polícia com um saldo fatal e Sara recebe a irada visita de Kellerman.
12. Separação
Mahone tem apenas um objetivo agora: encontrar o avião que Michael pretende usar para escapar. Enquanto isso, o fugitivo encontra seu pai e lembranças dolorosas vêm à tona. Além disso, Bellick é acusado pelo assassinato de Geary.
13. Encurralado
Bellick, de fato, não está feliz com o seu retorno inesperado ao presídio de Fox River. Enquanto isso, Michael e Lincoln talvez tenham de encarar a volta deles mesmos à prisão.
14. João Ninguém
Bellick cruza com o prisioneiro errado em Fox River. Kellerman coloca Michael e Lincoln cara a cara com Steadman e revela o que realmente o motivou a ajudar no plano de fuga.
15. A Mensagem
Bellick enfrenta mais dificuldades quando outros prisioneiros que sofreram em suas mãos querem vingança. Michael manda uma mensagem codificada para Sara. Bellick dá a Mahone uma pista valiosa que pode colocar em risco todo o plano deles.
16. Episódio 16
Michael e Sara se encontram novamente. A lanchonete em que C-Note está é roubada e o deixa em uma difícil situação. Kellerman resolve a charada da chave de Sara, mas pode ser uma armadilha para Michael e Lincoln.
17. Sangue Ruim
C-Note está prestes a ser capturado. Enquanto isso, Sara e Michael procuram Pope para conseguir informações para enfrentar seus inimigos e T-Bag leva os Hollander para a casa em que viveu quando era criança.
18. Episódio 18
Lincoln, Michael e Sara encontram a evidência que eles precisam para expor a conspiração; Mahone força um dos fugitivos a atrair Michael e Lincoln em campo aberto; Kellerman está próximo de encontrar a presidente.
19. Doce Caroline
Michael está determinado a confrontar a presidente e expor seus segredos. A bagagem perdida de T-Bag pode ser uma sorte inesperada para Bellick e Sucre.
20. Episódio 20
Sara se sacrifica pela segurança de Michael, para que ele e seu irmão possam continuar com seu plano final para alcançar a liberdade. Bellick chantageia Sucre e T-Bag continua a deixar um rastro de mortes ao sul da fronteira.
21. Fim do caminho
Michael está determinado a pegar T-Bag. Lincoln e Mahone se enfrentam. Sarah encara o dia do julgamento. Kellerman decide seu próprio destino.
22. A Volta
Michael corre contra o tempo para resgatar Lincoln e vencer Mahone em seu próprio jogo. Sucre arrisca sua vida para salvar Maricruz. T-Bag e Bellick encontram-se um rio do Panamá.