SINOPSE:
Michael, T-Bag, Mahone e Bellick estão presos em uma prisão chamada Sona. Sara desaparece juntamente com LJ, que estão de reféns de uma agente da companhia chamada Gretchen, pois Michael foi colocado em Sona de propósito, com a missão de fugir de lá com James Whistler, um homem que a companhia quer do lado de fora.
Episódios

1. Orientação
Michael Scofield está encarcerado na prisão de Sona, no Panamá. Junto com ele está T-Bag, Bellick e Mahone. Eles encontram seus companheiros de prisão novos, mas cada um com experiências diferentes.
2. Fogo e Água
Michael corre para encontrar Whistler antes de Mahone; os prisioneiros fazem ameaça de revolta por conta da falta de água.
3. Chamadas Necessárias
Determinado a falar com Sara, Michael pede a ajuda de T-Bag para chegar ao único telefone em Sona; Lincoln tenta um ousado resgate.
4. A Cerca
Lincoln recebe um aviso mortal da Companhia após sua tentativa frustrada de resgatar LJ e Sara; Michael formula um plano de fuga eletrizante.
5. Episódio 5
Michael e Whistler investigam os guardas das torres por quem terão que passar, mas um dos guardas percebe o que está acontecendo. Whistler afirma que estava observando pássaros, e os guardas vão embora. Um novo detento afirma saber quem é Whistler.
6. As Fotos
Michael tem que provar a inocência de Whistler no assassinato de um presidiário; Michael pede provas de que Sara está viva; Lincoln e Sofia monitoram os rituais dos guardas da manhã; Mahone recebe uma oferta que pode tirá-lo de Sona.
7. A Fuga
Ainda se recuperando sobre a morte de Sara, Michael Scofield se encontra trancado em uma luta até a morte com Whistler. Ao menos que eles possam colocar o seu plano de escape em ação.
8. Obstáculos
A Companhia quer Whistler fora de Sona, imediatamente. O plano de fuga explode em ação, mas não é Whistler que sairá da prisão.
9. Solitária
Susan e Sucre ficam cara a cara em um encontro muito interessante. Além disso, Michael é enviado para a solitária depois que o exército panamenho começa a suspeitar dele. Enquanto isso, T-Bag decide conseguir um lugar na nova fuga.
10. Por um Fio
Susan está se tornando um problema para varias pessoas e, por isso, Sucre e Lincoln procuram uma maneira destruí-la. Além disso, o Lechero perde sua autoridade dentro do presídio, o que pode gerar descontrole.
11. Fuga Noturna
Michael tenta desesperadamente traçar um plano para cavar um túnel em 24 horas, mas com seus comparsas conspirando contra ele, talvez o trabalho seja desnecessário.
12. Episódio 12
Michael permite que Lechero, T-Bag e Bellick sejam capturados, enquanto ele e os outros escapam, conseguindo alcançar a praia e os tanques de oxigênio. Enquanto isso, os guardas torturam os detentos capturados para conseguir informações.
13. A Arte de Negociar
Depois de escapar, o próximo passo é entregar Whistler para conseguir resgatar L.J e Sofia. No presídio, T-Bag se torna a nova autoridade.