SINOPSE:
Depois de conseguir escapar do inferno de Sona, os irmãos Michael Scofield (Wentworth Miller) e Lincoln Burrows (Dominic Purcell) estão decididos a buscar justiça contra a Companhia, o grupo obscuro responsável por arruinar suas vidas e matar o amor de Michael, a Dra. Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies). Durante a busca por vingança, a vida de Michael dá um giro ao descobrir que Sara está viva. Eles sabem que a única maneira de ficarem verdadeiramente livres é encontrá-la e derrotar a Companhia. Com a ajuda de um agente do governo formam uma aliança, junto com outros nomes conhecidos como Mahone (William Fichtner), Sucre (Amaury Nolasco) e Bellick (Wade Williams), que lhes ajudarão nessa missão aparentemente impossível. Para azar dos irmão, ele também terão que suportar a presença de T-Bag (Robert Knepper), que possui uma pista chave que lhes ajudará a superar esse desafio.
Episódios

1. Episódio 1
Michael quer se vingar de Whistler e Gretchen pela morte de Sara. T-Bag, Bellick e Sucre escapam da prisão após um tumulto provocado por um incêndio. Lincoln vai preso depois de matar um agente. Mahone descobre que o seu filho foi assassinado.
2. A Invasão
Michael quer se vingar de Whistler e Gretchen e faz revelações inacreditáveis; Lincoln e Michael voltam a se encontrar com os outros e recebem uma proposta de um agente da Homeland Security; Mahone tem uma perda terrível; T-Bag desaparece.
3. A Busca Continua
Para evitar a cadeia, Michael e a equipe tentam descobrir quem é o titular de um cartão de crédito e acabam presos numa armadilha tecnológica; Wyatt obtém novas informações sobre o paradeiro de Sara; T-Bag consegue uma nova identidade.
4. Aguias e Angels
A equipe de Michael descobre quem é o dono do novo cartão de acesso. Para obter o cartão, a equipe vai a uma festa beneficente da polícia utilizando disfarces. Já no primeiro dia de trabalho, T-Bag encontra velhos amigos e levanta suspeitas.
5. Episódio 5
Michael e Lincoln seguem na busca pela próxima chave de acesso. A investigação os leva ao Departamento do Tesouro dos Estados Unidos. Bellick e Sucre procuram T-Bag. Wyatt visita Gretchen que, apesar de sequestrada e torturada, ainda resiste.
6. Episódio 6
Nathaneal Edison sabota um cavalo favorito e fala com o gerente em seu escritório; Mahone é flagrado com algo de valor incalculável; o agente Self se torna alvo de Wyatt; T-Bag começa a desvendar o mistério de Whistler.
7. Episódio 7
Lincoln e o time vão até Las Vegas, onde Sucre recebe uma proposta indecente; Sara descobre que Michael tem um aneurisma cerebral; Roland abusa da boa sorte nos caça-níqueis; T-Bag e Gretchen viram aliados.
8. Episódio 8
Um ousado plano é criado para pegar o último cartão com Pad Man e uma aliança desconfortável é formada com Gretchen, mas há um traidor no grupo.
9. Episódio 9
Gretchen seduz o general como parte de um plano para recuperar o último cartão de acesso. O quadro médico de Michael piora. Um dos membros do grupo faz um sacrifício definitivo em nome da busca pelo scylla. Mahone resolve um problema.
10. A Planta
Michael desmaia e precisa ser levado ao hospital. Sucre pisa em uma mina terrestre. Mahone se encontra com o criador da Scylla.
11. Rebelião Silenciosa
O grupo executa seu plano elaborado para roubar a Scylla, mesmo com Michael doente. Gretchen tem um contratempo ao pegar o sexto cartão e, junto com T-Bag, prepara uma armadilha para Don e Trishanne.
12. Altruísmo
Michael e seu grupo conseguem roubar a Scylla do centro de operações da Companhia, mas uma terrível surpresa os aguarda.
13. Episódio 13
O grupo é obrigado a lidar com a traição de Don e Michael precisa manter o grupo unido; Lincoln é capturado; Don força Gretchen a ajudá-lo a encontrar um novo comprador para a scylla; T-Bag consegue um novo parceiro.
14. Apenas Negócios
Michael e Lincoln correm para recuperar a scylla das mãos de Gretchen e de seu novo parceiro; Mahone se encontra com um velho colega que está dividido entre amizade e dever; a fé de T-Bag é testada enquanto mantém a família de Gretchen como refém.
15. Episódio 15
Michael recebe cuidados médicos e é operado no lugar mais inesperado de todos. Ele tem uma alucinação com um amigo lhe dando um conselho. Lincoln e Sucre correm para deter Gretchen e recuperar a scylla antes que ela seja vendida.
16. Episódio 16
Lincoln, Self, Gretchen e T-Bag viajam até Miami para recuperar a scylla de seu novo dono; Sarah procura Michael, que está desaparecido; Michael é mantido em cativeiro pela Companhia e fica sabendo de algo chocante sobre sua mãe.
17. Episódio 17
Sara e Michael estão a caminho de Miami; Christina conta a Lincoln seus planos de assumir a Companhia; na caçada pelo scylla, Self e T-Bag fazem uma descoberta surpreendente.
18. Episódio 18
Michael e Lincoln acertam as contas com relação ao scylla; Christina ordena tiro fatal em Lincoln e coloca seu plano secreto em ação; T-Bag causa tumulto na embaixada indiana; a paranoia de Pad Man termina em morte.
19. A Conferência
Michael tem uma reunião incômoda com Christina. Ela tem uma surpresa bombástica para revelar; Lincoln é surpreendido por uma armadilha fatal; T-Bag tenta provar que pode ser um homem da Companhia.
20. Episódio 20
Caos se instaura no hotel após o assassinato na conferência de energia global; após obter o scylla, Michael é forçado a decidir entre salvar Sara, que foi capturada pelo General, ou Lincoln, refém da mãe.
21. A Troca
Michael deve escolher de uma vez por todas se salva a vida de Sara ou a de Lincoln; Sucre ajuda C-Note e Kellerman a localizar Michael em troca de liberdade; veja revelações bombásticas sobre Lincoln, Michael e Sara.
22. A Verdade Revelada
Mahone segue o plano de Michael e entrega a Christina um scylla falso que acaba nas mãos do FBI; o General sequestra outros parentes; a gangue decide se irá aceitar uma oferta de Paul Kellerman e entregar o scylla em troca de perdão.
23. De Volta ao Inferno
Michael e Sara se casam, mas a felicidade dos dois dura pouco, já que ela é mandada para prisão, acusada de assassinato. Para piorar tudo, o General quer matá-la. Michael precisa salvar sua esposa antes que outra tragédia aconteça.
24. Episódio 24
Michael se sacrifica para tirar a esposa da prisão e evitar que a matem. Depois, Lincoln e Sara descobre um vídeo com muitas respostas.